В дълбините проследява младия гмуркач Джей Гарднър, който се отправя към водите край крайбрежието на Калифорния в търсене на останките на своя баща. Това, което започва като лична мисия, бързо се превръща в кошмар, когато Джей е погълнат от гигантски кашалот. Заклещен в тъмното, враждебно и непознато пространство вътре в създанието, той разполага само с един час кислород, за да намери изход. За да оцелее, Джей трябва да се изправи не само срещу физическата опасност, но и срещу демоните на сложната си връзка с баща си.